Он был арестован в августе 2004 года в Загребе по требованию Македонии и помещен в тюрьму города Пула.
Выдвинутые МТБЮ обвинения против бывшего главы македонского МВД в основном сводятся к двум эпизодам. Первый из них связан с отдачей команды о расправе над мирным албанским населением в селе Люботен в 2001 году в ходе вооруженных акций албанских экстремистов против местных властей.
Второй эпизод обвинения имеет отношение к спланированной и осуществленной в марте 2002 года под руководством Бошковского акции по ликвидации семерых «экономических» эмигрантов из Индии и Пакистана, которых обманом вынудили приехать в Македонию из Болгарии и через несколько дней расстреляли неподалеку от македонской столицы. После расправы над беженцами в руки им вложили автоматы и пистолеты — с тем, чтобы представить их как группу террористов. Как считается, это преступление было продиктовано желанием Бошковского доказать, что Македония реально борется с международным терроризмом. Непосредственных исполнителей этой акции Бошковский представил к наградам.
Как сообщает из Гааги корреспондент «Новости» Андрей Поскакухин, Любе Бошковски уже помещен в тюрьму ООН.
